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无论在动物细胞或细菌中，此代谢途径进行的速率都通过途径中某些特定步骤来调节，从而控制不同嘧啶核苷酸的产量。
在动物中，由氨基甲醯磷酸合成酶 II （作为CAD蛋白的一部分）催化的步骤是此途径最主要的调节步骤。氨甲醯磷酸合成酶 II 以异位调节的方式受磷酸核糖焦磷酸（为此途径第五个步骤的底物之一）活化而受三磷酸尿苷（为此途径其中的一个产物）反馈抑制，从而调节总反应速率。
在细菌中，由天门冬胺酸转氨甲醯酶 （作为独立的酶）催化的步骤则是此途径最主要的调节步骤。天门冬胺酸转氨甲醯酶以异位调节的方式受三磷酸尿苷和三磷酸胞苷（为此途径的最终产物）反馈抑制，从而调节总反应速率。然而在动物中，天门冬胺酸转氨甲醯酶对于此途径并没有调节作用（不受调节）。
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